1980年，埃雷兹·艾登出生于美国布鲁克林，精通希伯来语和匈牙利语。本科就读于普林斯顿大学，主修数学、物理学和哲学专业，毕业后考入叶史瓦大学历史学专业，攻读硕士学位。

2009年，在哈佛-麻省理工博德研究所攻读博士学位的艾登被《麻省理工科技评论》提名为世界上前35位年龄小于35岁的创新者。

博士毕业后，艾登先是任职于哈佛大学科研学会，后任谷歌客座教授，随后成为贝勒医学院和莱斯大学的助理教授，领导基因组架构研究中心。2012年，他因和同事一起发明了探测基因3D折叠方式的技术，获得美国总统青年科技奖（PECASE），这是美国政府颁给青年科学家的最高荣誉。